A igreja de Nossa Senhora das Mercês e Perdões está localizada de costas para a igreja de São Francisco de Assis e de frente para o Pico do Itacolomi. A primitiva capela foi erguida em 1742 pelo padre José Fernandes Leite, sob a invocação de Bom Jesus dos Perdões. Em 1760 a capela foi doada à Irmandade de Nossa Senhora das Mercês, que havia surgido em 1743 na igreja Matriz de Nossa Senhora da Conceição de Antônio Dias. Foi a partir dessa doação que a igreja passou a ser chamada de Nossa Senhora das Mercês e Bom Jesus dos Perdões, posteriormente simplificada para Nossa Senhora das Mercês e Perdões. Para abrigar a irmandade a igreja passou por uma série de reformas, que provavelmente duraram de 1769 a 1772. O risco da nova capela-mor foi encomendado a Antonio Francisco Lisboa, que ficou encarregado também das imagens de roca de São Pedro Nolasco e São Raimundo Nonato. A igreja sofreu intervenções radicais no início do século XIX, que acabaram por alterar sua feição original.