A igreja de Nossa Senhora das Mercês foi erguida por iniciativa da Irmandade de mesmo nome, constituída formalmente por uma Provisão de 1787. Não há consenso entre historiadores quanto à data do início das obras: alguns sustentam que tenha sido 1769, outros indicam 1787. É possível também que tenha havido uma primitiva ermida antes da igreja definitiva. Documentos indicam que em 1871 a igreja estava em obras, já que a Irmandade solicitou à Câmara Municipal a doação de degraus de pedra do antigo Pelourinho, demolido, para a construção de uma escada para o presbítero da igreja. Nesta mesma data teria sido ampliado o telhado e reformado o corpo principal e a sacristia. Ao longo do século XX a igreja passou por novas intervenções, algumas a descaracterizaram. A igreja das Mercês se assemelha à capela da Arquiconfraria de São Francisco, tanto na arquitetura como na decoração da talha, que foi erguida na mesma época.