A igreja de São Francisco de Assis foi construída a partir da iniciativa da Ordem Terceira de São Francisco. A licença para a obra foi concedida por D. Frei Manuel da Cruz em 1761, e a construção teve início no ano seguinte, devendo obedecer ao risco do Padre Ferreira da Rocha. No entanto, o risco seguido foi o do arquiteto José Pereira dos Santos. A pedra fundamental foi colocada em 1763, e em 1777 já estavam concluídas a capela-mor, a sacristia e a casa do noviciado. A primeira missa foi rezada em 6 de dezembro desse mesmo ano. Em 1783 foram feitos um novo frontispício e torres, e modificou-se o arco do coro. Em 1793 foi terminada a capela-mor, sacristia, noviciado e corredores, e depois de 1794 foram feitas ainda trabalhos de pintura. Trabalham na capela alguns renomados artistas da época, como Manuel da Costa Athaíde e Francisco Vieira Servas.