Quando D. João VI chegou ao Rio de Janeiro, mandou fundar uma fábrica de pólvora na várzea que circundava a lagoa hoje conhecida como Rodrigo de Freitas. Ao seu lado, mandou instituir um "jardim para plantas exóticas" que continha principalmente especiarias. Somente no reinado de D. Pedro I que o jardim tomou ares de Jardim Botânico, sob os cuidados de Frei Leandro do Sacramento, quando a fábrica incendiou-se e não foi mais reerguida.