Igreja localizada no Largo de São Francisco de Paula, nascido Largo ou Praça da Sé Nova no governo de Gomes Freire de Andrade. O culto a São Francisco de Paula foi introduzido no Brasil em 1754, pelo bispo Frei Antônio do Desterro. Ganhou tantos adeptos que nesse mesmo ano foi feito um pedido a Roma para que fosse fundada no Rio uma Irmandade da Ordem dos Mínimos, o que aconteceu em julho de 1756. Inicialmente a Irmandade ocupou uma capela no Morro da Conceição; em 1758 seus hábitos foram distribuídos e a imagem do padroeiro foi enviada para a Igreja da Santa Cruz dos Militares até que sua própria igreja fosse construída. Inicialmente era uma pequena ermida, mas com o crescente número de fiéis, em 1759 começaram as obras para uma ampla igreja, concluída somente em1865. Segundo Araújo Viana, a igreja figurou entre as mais belas e artisticamente mais ricas do Brasil, em seu estilo jesuítico francês ou rococó. Mestre Valentim foi responsável por alguns dos trabalhos em talha e pelos adornos da capela principal.

Prédio destinado a abrigar instituições educacionais do país, pois nos anos subseqüentes, o espaço foi usado pela Escola Militar (1842), Escola Politécnica (1874) e durante todo o século XX e XXI pelo IFCS-UFRJ (Instituto de Filosofia e Ciências Sociais da Universidade Federal do Rio de Janeiro).