Boa Viagem, às margens da Baía de Guanabara, possui uma topografia bastante peculiar: morros cobertos de vegetação, ilhas e fonte de água potável próxima à praia de águas tranqüilas. A ilha da Boa Viagem, com seu relevo erodido, pequenas grutas e coberta de vegetação, possui muito boa localização em relação à entrada da Baía de Guanabara. De lá pose-se avistar as embarcações que chegam ou saem da baía. Foram instalados na Ilha a Igreja de Nossa Senhora da Boa Viagem (construída no século XVII), um fortim (chamado Bateria da Boa Viagem) e a Escola de Aprendizes Marinheiros (que somente funcionou de 1840 a 1846). O seu sítio é um dos principais monumentos da história de Niterói, por suas edificações e caminhos escavados na pedra.

No século XIX havia um projeto que previa a construção em Boa Viagem de um caminho pela a orla da baía, ligando a Ponta D’Areia a São Francisco. Este caminho acabou modificando um pouco da paisagem natural da região, provocando o aterramento de algumas áreas entre o Pontal do Gragoatá e a praia da Boa Viagem, resultando no desaparecimento de algumas praias.