O município de Fonte Boa tem sua origem no aldeamento Taracoatéua ou Taracuariba. Foi aí, no século XVII, que o padre jesuíta Samuel Fritz fundou uma missão religiosa denominada Nossa Senhora de Guadalupe. Alguns anos após a fundação, a aldeia foi destruída por espanhóis, tendo sido reerguida posteriormente por portugueses. Em 1759 a aldeia foi elevada à categoria de Lugar, sendo rebatizada Fonte Boa. Em 1891 tornou-se Vila e finalmente em 1938 foi elevada à Cidade.