A igreja foi construída no final do século XVI e foi a primeira da ordem jesuítica a ser construída em Portugal. Foi uma das únicas edificações da cidade a não sofrer nenhum dano após o terremoto de grandes proporções ocorrido em 1755.

A construção do Santuário data do final do século XVI e foi dedicada à Nossa Senhora da Encarnação. Na segunda metade dos século XVIII, a arquitetura da igreja recebeu um dos elementos mais marcantes de sua arquitetura: a construção da escadaria do templo. No século XIX, a igreja sofreu diferentes modificações, dentre as quais destacam-se: a pintura da nave e a construção do coro-alto.

A construção do Santuário data do final do século XVI e foi dedicada à Nossa Senhora da Encarnação. Na segunda metade dos século XVIII, a arquitetura da igreja recebeu um dos elementos mais marcantes de sua arquitetura: a construção da escadaria do templo. No século XIX, a igreja sofreu diferentes modificações, dentre as quais destacam-se: a pintura da nave e a construção do coro-alto.