O Morro São Diogo localizava-se entre a Gamboa Pequena e a Grande, e sua história tem a ver com a do alferes Diogo de Pina, dono de casas e terras na região. No morro, ele ergueu uma capela em louvor a São Diogo, santo de sua devoção, passando assim a nomear toda área (que abrangia, além do morro, o mangue em torno).