A igreja de São Miguel foi construída no século XVIII, entre 1735 e 1745. A igreja não chegou a ser finalizada, pois faltou a segunda torre. O templo fica localizado na região dos Sete Povos das Missões, um conjunto de sete aldeamentos indígenas fundados pelos jesuítas com intuito de levar a catequese aos povos nativos. O local foi motivo de disputa constante entre Portugal e Espanha, até que em 1750, pelo Tratado de Madri os Sete Povos das Missões passaram ao domínio português, em troca da Colônia do Sacramento que passou para o domínio espanhol.