A capela foi construída em 1505, mas somente em 1569 foi dedicada a Nossa Senhora da Saúde quando passou a ser conhecida sob essa designação. Após o terremoto de 1755 teve parte de sua construção abalada e sofreu uma série de obras.Em 1861, D. Pedro V elevou-a à condição de Capela Real. A igreja é conhecida por promover uma procissão de agradecimento à proteção da santa no primeiro domingo de maio, tradição esta que persiste desde o século XVI.