A Basílica de São Bento, na verdade Basílica de Nossa Senhora da Assunção, faz parte do conjunto arquitetônico do Mosteiro de São Bento, que inclui ainda o Colégio de São Bento. O Mosteiro foi fundado em 1598 pelo paulista Simão Luís, posteriormente conhecido como Frei Mauro Teixeira, discípulo do padre Anchieta. O local inicial do estabelecimento dos beneditinos era formado por duas sesmarias doadas pelo Capitão-Mor Jorge Correia, e serviram como base dos beneditinos na cidade. No ano de 1600 a Câmara Municipal doou, em caráter perpétuo, um terreno depois do Colégio dos Jesuítas - onde localizava-se a antiga taba do cacique Tibiriçá - para a edificação do templo. As obras foram concluídas em 1634 e a pequena capela havia sido dedicada inicialmente a São Bento. Mais tarde, diante de um pedido de D. Francisco de Sousa, governador da Capitania de São Vicente, o patrono da igreja passou a ser Nossa Senhora de Motserrat, e em 1720 a capela passou a denominar-se Nossa Senhora da Assunção. Como o mosteiro e a capela iniciais eram muito pequenos, o bandeirante Fernão Dias Paes se dispôs a ajudar financeiramente a construção de um novo templo, em troca da guarda de seus restos mortais e os de sua família nas criptas da igreja. A pedra fundamental da nova construção foi lançada em 1650, e finalmente em 1681 a igreja ficou pronta, pouco antes da morte de seu benemérito. O Colégio de São Bento surgiu em 1903 e em 1908 surgiu a faculdade de Filosofia, a primeira do Brasil.