A quinta foi construída no século XVIII pelo negociante português Elias Antônio Lopes, num terreno elevado e com exuberante vegetação. Foi dada de presente a D. João VI quando este chegou ao Brasil, sendo a casa assim transformada em residência real. A partir de 1892 o palácio virou Museu Real (quando o museu foi transferido do Campo de Santana para a Quinta da Boa Vista) e, em 1922, tornou-se Museu Nacional.

Construído no local do forte de São Fernando, que foi destruído para lhe dar lugar. Obra dos arquitetos Cosme Damião e Cunha Fidié, foi provavelmente o primeiro prédio em estilo neoclássico do Brasil. Foi inaugurado pelo Conde dos Arcos em 28 de janeiro de 1817, em suntuosa festa. A Associação Comercial atendia a três desejos: dos comerciantes, que buscavam um lugar para realizar seus negócios; do Vice-Rei do Brasil, D. Mattos de Noronha e Britto, que visava ao desenvolvimento da província da Bahia; e do príncipe regente D. João VI, que buscava promover o progresso da Colônia, à época sede provisória da Corte Portuguesa.